曾经有一位将领在面对惨败，五万军队在短短三天之中就被歼灭时，曾发出感叹，就算五万头猪，三天时间对方也抓不完！
然而事实上，成建制经过训练的军队在惨败之后，抓起来还真的比五万头猪好抓！
猪面对枪口的时候只会猪突猛进，到处乱窜，然而人却知道那个武器可以夺走他们的生命，识相的屈服。
在使用超越了好几个时代的科技武器后，夏章手下的五万军队抓马莱的百万军队消耗的时间也仅仅只有十五天而已。
太空之中的卫星扫描并对信息进行汇总，空中的喷气式飞机打断对方可能组织起来的反击，地上的装甲战车以钢铁洪流的方式围歼。
一场场爆炸，向世间的人类诠释什么是工业的力量。那些纷飞的断肢残躯，那些狰狞的钢铁造物，夺走马莱士兵的所有士气，也夺走了他们所有反抗的勇气。
当面对装甲战车的炮口和机枪时，大批大批的马莱士兵选择了臣服，少量鼓起勇气反抗的人，他们还需要对付万花筒写轮眼这种幻术利器。很可惜，这个世界的普通人面对火影世界的高级攻击手段，根本无能为力，在催眠之下，他们乖乖放下了手中的武器。
招降马莱的百万军队便是夏章征服马莱的第二步。
这种近代士兵在经过训练后，身体之中已经被刻上了执行命令，服从秩序的烙印，教导他们是一件更为简单的事情。
他们将会在短期的培训后，成为夏章管理马莱帝国的基层管理人员。
这些马莱士兵本就来自于马莱帝国各地，占据帝国百分之一的数量，在培训合格后，他们完全可以回到家乡，借助本地人的优势，建立起基层组织。
当然，这种方式也只是特殊时期的特殊解决方案，夏章能够相信的也仅仅只有他亲手打造出来的主基地战士而已。
在十五天的招降期进入后期时，第一批招降的马莱士兵中，比较容易教育的艾尔迪亚人已经跟随夏章的手下进入马莱的城市之中。
最先进行改革的便是，艾尔迪亚收容区。
虽然在马莱的洗脑教育下，马莱军队之中的艾尔迪亚战士对马莱有一种近乎偏执的忠心，然而，当马莱帝国的秩序崩溃后，在他们心中坚信的战士崩溃后，他们也最容易被吸收。
当公平、自由的大饼摆在这些艾尔迪亚人的面前时，虽然有不少人在犹豫，难以置信，觉得这是一个谎言。然而在没有别的选择的时候，他们也都清楚唯有臣服新的帝国才能给艾尔迪亚人带来新的出路。
以凤久为首的三十名主基地战士，带领九百名已经向征服者组织臣服的艾尔迪亚人，正式开赴雷贝里欧收容区。
凤久的实力在主基地之中虽然已经是末流，但在斩赤红之瞳世界中，曾经做过一国大臣并带领斩赤红之瞳世界的帝国统一了那颗星球的他有着极为丰富的执政经验，面对各种种族矛盾、贫富矛盾、历史矛盾等问题，他都有熟练的解决方案，在改革上有他进行把控不会出现太大的问题。
马莱大陆上的艾尔迪亚人，悲剧也于此刻结束！
凤久将告诉他们，这个世界上并非仅仅只有痛苦，如果世界之中出现了错误，那么改变他就好了……
进击的巨人这个世界的故事源自于两千年前，巨人世界的一系列悲剧源自于愚昧时代的一个最令人心痛的悲剧。
在那个部落时代里，艾尔迪亚部落里有个叫尤弥尔的奴隶少女。有一天她因一头‘奔向自由’的猪，替其他奴隶背了黑锅并被奴隶主弗利茨王放逐。告诉她她自由了，事实却是将其视为猎物，围追堵截。猎犬、弓箭，各种用来对付野兽的方式被施加到少女的身上。
在逃亡的过程中，她跌入一颗大树树洞的水潭里，在水潭中她与一种类似于脊椎或者怪形虫之类的存在接触，获得了变成巨人的能力，她也因此被后世称为始祖巨人尤弥尔。
尤弥尔回到了弗利茨王身边后，继续为艾尔迪亚部落效力——从出生便经历奴隶教育的她根本不知道应该怎么反抗，也不知道该用自己的力量去做些什么事情。
在弗里茨王的奴役下，她开垦荒地、开辟道路、架设桥梁、征战马莱等其他部落，让艾尔迪亚借助巨人的力量，成为整个大陆上的主宰。并为弗利茨王生下三个女儿。
有一天，在一场典礼上弗利茨王受到偷袭，尤弥尔替弗利茨王挡下标枪，面对弗里茨王冰冷的声音，没有继续活下去支撑的尤弥尔就此离开人世，那一天是尤弥尔变成巨人的第十三年。
弗利茨王为了巨人之力能够延续下去，他命令他和尤弥尔的三个女儿吃掉了尤弥尔的尸体，并让她们努力繁衍。
通过这种方法，巨人之力最终分成了九份，他们被称为九大智慧巨人，分别是车巨人、兽巨人、超大型巨人、铠巨人、颚巨人、女巨人、战锤巨人、始祖巨人以及最后诞生的进击巨人。
当一个艾尔迪亚人变成了无垢巨人，然后吃掉拥有九大智慧巨人之力的人，巨人之力和被吃之人的记忆便会继承到这个艾尔迪亚人体内，但获得巨人之力后，这些人的寿命也只剩下十三年。
而如果不利用吃人的方式继承巨人之力，在十三年的寿命结束后，巨人之力会随机的进入一位刚出生的艾尔迪亚婴儿体内。
借助巨人的力量，大陆被艾尔迪亚统治了近两千年，虽然九大巨人之间存在不小的争斗，但始祖巨人始终在弗利茨王族中代代相传。
直到始祖巨人传到了第一百四十五代，第一百四十五代弗里茨王反感战争，认为一千多年来艾尔迪亚人带给世界的只有战争和毁灭，他认为艾尔迪亚人是罪恶的。
他将帝国的主宰权交给战锤巨人家族，并编造出一个马莱英雄荷洛斯的谎言，让大陆的人认为是马莱人打败了巨人。
然后自己带领一部分艾尔迪亚人进入大陆旁的帕拉迪岛，并与他体内的始祖巨人之力立下了不战之约，利用巨人之力建立了三道五十米高的围墙。
这位弗里茨王同时利用始祖巨人的能力，修改墙内人的记忆，让他们对墙外世界一无所知，认为墙外之人已经全部灭亡。
而剩下未到墙内的艾尔迪亚人则被马莱帝国圈入收容所，他们只能在收容所受监控的生活，如果有谁触犯铁则，就被送往“乐园”帕拉迪岛变成没有智慧的巨人。
二十几年前，一位叫格里沙·耶格尔的人因为好奇带着妹妹跑出了收容所去看飞艇，被马莱士兵发现并面临惩罚，哥哥一马当先说妹妹的惩罚也由他承担。
于是一个马莱士兵带妹妹回收容所，而哥哥被另一个马莱士兵狠狠地踢了一脚以作惩罚。
然而格里沙回到家后，发现妹妹并没有回家，并在第二天在河边发现妹妹伤痕累累的尸体，被群狗咬死……
妹妹的死对格里沙影响很大，他恨透了受马莱帝国支配的生活，并在成年后他加入了艾尔迪亚复兴会，誓要推翻马莱帝国重建艾尔迪亚。
艾尔迪亚复兴会在马莱政府内线“枭”的情报下正如火如荼的发展，格里沙也因为能力成为关键人物，并在枭的引荐下，他认识了拥有王族血统的戴娜.弗里茨，他们两人结了婚并生下了儿子吉克。
在十三年一次的巨人之力宿主更换时，格里沙想让他儿子吉克参加巨人之力宿主选拔，从而夺取巨人之力。
然而，吉克在发现父母的计划因为行事不密早已经泄露，一举一动都在马莱人的监控之中，不可能成功的时候，为了保全祖父母，这个七岁的小孩子向马莱人举报了自己的父母。
也因此，艾尔迪亚复兴会成员们被马莱政府送到了乐园，被注射药剂变成只会吃人的无垢巨人。
就在格里沙也要被注射巨人药剂的生死关头，枭出现了，他变成了进击巨人杀掉了这支马莱小分队所有人。
枭向格里沙透露，马莱帝国连年战乱不断，由于资源的匮乏，帝国首脑早就开始觊觎小岛丰厚的资源。
但初代墙内王无论如何是不会反抗的，初代王认为，艾尔迪亚民族即使灭亡也无法弥补自己的罪恶。
可是马莱政府迟早要前往墙内寻找并抢夺始祖巨人之力，然后将艾尔迪亚人杀得一个不剩。
所以格里沙必须要抢在马莱帝国之前，找到始祖巨人，借助始祖巨人的力量解放艾尔迪亚人民，枭把这个使命和进击巨人之力交托给了格里沙。
格里沙进入了墙内，在里面成了家，生下了主角艾伦。
这是已经发生的剧情。
而夏章在征服马莱后，也已经知道了现在的时间点，按照这个世界的历法是，843年，距离主线剧情开始还有两年。
在原本的世界线中，马莱政府派出了四位拥有巨人之力的少年，进入墙内获取始祖巨人之力，但其中一位少年在进入墙内的时候，因为意外被一名无脑巨人吞噬。
剩下的三位便是女巨人阿尼、超大型巨人贝特霍尔德、铠巨人莱纳。
为了潜伏进入墙内世界，超大型巨人踢破玛利亚墙，铠巨人也在内墙上撞出一个洞，大量的无垢巨人进入城墙内的希干希纳区，吞食人类。
人类被迫放弃三分之一的领土。
在过去十几年里。格里沙也在墙内暗中调查，寻找拥有始祖巨人力量的墙内王族，那一夜他为了拯救希干希纳区的民众和妻儿，请求拥有始祖巨人之力的王族人弗丽达出手，驱逐杀死入侵希干希纳区的无垢巨人，然而受到不战之约限制的弗丽达认为艾尔迪亚人天生有罪，被巨人吞食也是赎罪。
在利用进击巨人之力回到那一刻的儿子艾伦的蛊惑下，愤怒的格里沙吃掉了弗丽达，夺取了始祖巨人之力，不作为的王族也被他屠戮殆尽。
然而，始祖巨人之力只能在拥有王族血统的人身上起作用，但是就算拥有王族血统，当继承初代王的记忆后，他的思想也会被初代王所支配，即永远的将艾尔迪亚人圈养在墙内。
之后，格里沙在幸存者营地找到了儿子艾伦，将使命和巨人之力托付给了艾伦，嘱托艾伦一定要夺回玛利亚之墙，一定要进入自家地下室，那里有很重要的东西。
另一方面，由于记忆被篡改，墙内人已经很少有人能记起这个世界的真相了，但是也有记忆力不受巨人之力影响，因此无法被篡改的几大家族。
阿克曼家族便是其中之一。
阿克曼家族原本是弗利茨王族的近身侍卫，是巨人研究的副产品，他们拥有超越人类极致的力量，可以继承阿克曼先祖们的战斗经验。
到了墙内，王族开始忌惮阿克曼家族的力量，开始迫害阿克曼一族，最终整个阿克曼一族仅剩凯尼、利威尔和三笠几人，其中凯尼因为阿克曼一族的认主机制，在刺杀王族成员乌利的时候，被巨人的力量折服，成为王族的打手，领导中央宪兵团，负责清理墙内一些反抗王族的人；利威尔则被调查兵团第十三任团长埃尔文引导加入调查兵团。
主角团艾伦、三笠和阿尔敏等人从第一百零四期训练兵团毕业后，随着艾伦变身进击巨人帮助人类赢得特罗斯特区战役，女巨人阿尼被擒，铠巨人莱纳和超大型巨人贝特霍尔德的暴露，调查兵团离真相越来越近。
王族为了保护初代王的秘密和维护自己的统治权，准备抓住所有的调查兵团。
凯尼借一桩命案将埃尔文团长拘捕，随后又将王族私生女希斯特利亚、艾伦以及全部调查兵团员抓获，并将仅剩七人的成员全部列为通缉对象。
那一晚，凯尼和王族仅剩的成员罗德.雷伊斯联手，将希斯特利亚和艾伦带到家族教堂地下，企图让希斯特利亚吃掉艾伦从而取回被夺走的始祖巨人之力。
然而作为调查兵团成员的希斯特利亚明白即使取回始祖巨人的力量，她也会被初代王的思想支配，不愿屈服的她背摔罗德，打翻药剂。
倒地的罗德明白胜利无望，他舔食了地上的巨人药剂，变成一百二十米的畸形巨人，但最终被希斯特利亚斩杀于城墙之下。
调查兵团扶持希斯特利亚成为女王后，玛利亚之墙夺还计划随即重启。
在希甘希纳区内外，调查兵团与兽之巨人、超大型巨人、铠之巨人与被控制的无脑巨人展开战斗。
最终，调查兵团惨胜，仅剩九人。
随后调查兵团前往了耶格尔家的地下室，获取了墙外世界的真实面貌。
而这一切，随着夏章征服马莱，都将改变……