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应天府正式更名为南京，已经是数百年之后的事情了，不过在当时，民间对应天府的称呼就是南京，这正好与顺天府被称为北京相对应。自成祖皇帝迁都顺天府之后，南北二京的局面就在帝国保留了下来。在瓦刺入侵时，建议南迁之人，就是要将帝国的京城由顺天府迁移到应天府去。当然，作为太祖皇帝建立帝国时的京城，应天府有着很高的地位的。加上几年，江南地区的工业发展迅速，应天府的地位更是提高了不少。
朱祁钰南巡的第二站就是应天府。在准备离开了松江府的时候，朱祁钰收到了消息，负责保卫皇帝安全的帝国近卫军已经从陆路到达了应天府，并且接管了应天府的安全防卫工作。随后，朱祁钰就乘船沿江而上，两日后，就到达了。应天府的地方官员纷纷来到码头迎接皇帝的圣架。因为应天府也属于京城，所以这里的官员虽然实际上为地方官员，不过都属于中央政府直接管理。
这次，朱祁钰没有再到其他人的家里去借宿了。应天府的南皇宫是皇家财产，虽然南皇宫的规模并不大，比起北京的皇宫，以及后来新建的新宫差了很多，不过这总算是当年太祖皇帝居住过的皇宫，所以还是满舒适的。这是朱祁钰第二次来到这座皇宫，上一次，还是在南方发声大洪灾的时候，他到应天府来过，而那次，他只在这座皇宫里面住了一个晚上，然后就赶往灾区了。
应付当地的官员，以及应天府的社会名流，花去了朱祁钰两天的时间。随后，朱祁钰谢绝了所有人的邀请，赶往了安庆府。安庆也属于南直隶，不过已经在南直隶的西南边了。当年，安庆也遭了水灾，后来朱祁钰将吴长生留在了南方，让他全权负责治理水患。十一年了，朱祁钰因为常年征战在外，就算是在国内，也忙于处理各种各样的政务，几乎把治水的事情给完全忘记了。这次到达应天府，朱祁钰第一个想到的就是吴长生。派人询问了治水的情况之后，得知吴长生正在安庆府，对雷池的堤坝工程进行检修，因此朱祁钰就立即赶往了安庆府，准备见见这个在南方为治理水患忙碌了十多年的年轻书生！
吴长生确实是个书生，他是当年帝国公立大学第一期学员中的佼佼者。因为从一开始，吴长生的理想就是治好大江大河，让洪水远离百姓，所以在学校的时候。吴长生最擅长的就是数学，物理学，以及工程方面的学识。当年，如果不是因为南方发大水，受灾百姓达到了上百万之多，直接影响到了帝国的稳定的话，朱祁钰更希望让吴长生去担任帝国水利部门的官员。不过，时隔十多年，当朱祁钰再次见到吴长生的时候，他已经不再是一个文弱书生了，如果不是有人介绍，恐怕连朱祁钰都认不出这个嫡传弟子了！
“陛下……”见到皇帝到了修建堤坝的工地上来，吴长生也是一脸的惊讶，“臣不知陛下到来，还望陛下恕罪。”
“吴长生，如果不是有人认出你来，恐怕朕还真是认不出你了！”
朱祁钰笑着握住了吴长生的双手，这才发现，当年执笔的那双白皙的手已经变成了一双如同皮革般粗糙的，长满了老茧的手了。朱祁钰心里也是一阵颤抖，他连忙控制住了情绪，将段灵与柴美娇两人让道了旁边来。“吴长生，这次可不是朕一个人来看你的，还有你的两位同学也一起来了！”
“皇后，段贵妃！”吴长生虽然与柴美娇，段灵是同窗同学，不过现在身份有别，所以他还是显得格外的礼貌，并且与两人保持了一个恰当的距离。
“好了，陪朕走走！”朱祁钰也看出了，这种身份上的变化，已经在当年的这些年轻人身上留下了不可磨灭的痕迹。“这次，朕南巡，到达应天府的时候，听闻你正在这边修缮雷池的堤防工程，所以就立即赶了过来。当年，朕将你留下来，到现在有多少年了？”
“整整是十一年！”吴长生淡淡地笑了一下，不过看得出来，在他的眉宇之间，十一年的沧桑，已经在他身上留下了不可磨灭的痕迹。
“十一年，整整十一年了！”朱祁钰长出了口气，停下了脚步，看着西面的雷池，“十一年，足以改变一个人一生的命运，足以决定一个国家的未来。这十一年里，朕一直向跟你说一句话，不过却一直没有机会！”
吴长生微微皱了下眉毛，没有想出皇帝有什么话要跟他说。
朱祁钰转过身来，目光在吴长生身上停了一会，说道：“朕要代表帝国，代表帝国的所有百姓感谢你在这十一年里为帝国，为百姓做出的贡献！”
“陛下……”吴长生一惊，连忙说道，“臣为陛下效力，为帝国效力，为百姓效力，这是臣的职责与荣幸！”
朱祁钰笑着拍了拍吴长生的肩膀。“这些冠冕堂皇的话，就不需要跟朕说了，如果帝国所有臣民都这么想的话，那朕就不需要为什么事情操心了。好了，现在跟朕谈谈，你这十一年来，给南方带来了什么样的变化，你的治水工程到底有多大的进展了！”
可以说，治水是名副其实的百年工程。多少个朝代都为了治水而耗尽物力，财力，而又有多少个朝代真正把水患给彻底的杜绝了？帝国初期，正因为南方的水利工程严重缺乏，几乎年年都有水患，年年都有水灾，年年都有难以计数的难民。当年，朱祁钰下了狠心要把南方的水患治理好，为此，他甚至给了吴长生一把尚方宝剑，给予了吴长生生杀予夺的权力，只要是为了治水，不管是谁，就算是内阁总理，都得配合，不得有半点延误。也正是如此，十一年来，吴长生才能够取得巨大的成绩。
头两年，吴长生首先探查了南方的地理环境，以及水文情况。订下了治水的总体方针，随后他就从长江中游的宜川开始。按照他制订的治水计划开始修建沿江地区的堤坝以及其他防洪工程。
近十年来，吴长生在长江沿岸修建了数千里的堤坝，疏通了数百里的河道。另外还新建了上百个人工湖（水库），将长江沿岸的十多个大型湖泊疏浚了一遍，其总体工程量达到了上千万方。后世有人计算过，吴长生治水所耗费的工程量，要比当年秦始皇修建长城还要巨大！
“臣治水的主要办法是疏防结合，以疏导为主，防范为次。为此，臣主要是在沿途修建可以调节长江水量的水库。”吴长生将大体的治水情况讲了一遍。“这些水库的作用非常大，旱期，可以用水库的水浇灌周围地农田。保证农民的收成；汛期，则可以蓄水，以减轻长江主干道的压力，防范水灾发生。通过这种疏防结合的方式，我们就可以彻底地杜绝水灾发生。现在，臣正治理雷池，等到雷池的治理工作完成之后，臣就去治理长江几条主要的支流！”
当时，长江的正式名称叫大江，不过民间主要还是称其为长江。关于吴长生治水的功绩，在此就不多阐述了，即使是在数百年之后，长江沿岸各地仍然保留了大量当年吴长生建造的水利工程，其中不是好仍然在发挥着重要的防洪作用。比如，在俗称长江九道拐的荆州段，现在就还保留着当年吴长生修建的堤坝，而且一直是主要的防洪设施。可以说，吴长生积一世之功，为长江地区后来千秋万代的百姓确保了一个安全的家园，仅此一点，吴长生都无愧于帝国历史上最伟大的水利工程师的称号！
“这么说来，现在治水的主要人员还是你？”
吴长生尴尬地笑了一下，说道：“陛下误解了，这十多年来，臣已经不是主要的治水人员了。前些年，大学来了好几位同学，他们现在都成了骨干，而且，臣也培养了一批人员。现在，臣的主要工作就是制订大体的计划，并且偶尔来视察一下工程进展而已。”
朱祁钰看了吴长生一眼，然后就笑了起来。“这是个好办法，至少你要比于谦聪明许多，知道找人分担压力。不过，朕认为，你现在还留在这里的话，就是大材小用了，有没有兴趣回京城去？”
“回京城？”
朱祁钰点了点头。“帝国水利道路桥梁部的金濂部长明年要要退休了，如果你愿意回京的话，那么朕把这个位置留给你！”
“这……”吴长生感到很为难，他也看得出来，皇帝在很诚恳的邀请他，所以他不好立即就拒绝。
“你好好想一下吧，朕相信，你应该知道这两个位置谁轻谁重！”
朱祁钰走到了堤坝边上，“这些年来，有你在南边，朕几乎没有为南方水患的事情担心过。不过，你应该知道一点，治水只是一种功绩，而且帝国不仅仅是长江才有水患！还有很多地方，都存在着同样的问题。要想为国家做更多的贡献，要想让更多的百姓过上安居乐业，而不需要提心吊胆的生活，那么，你就应该为自己的未来多考虑一下！”
吴长生略微犹豫了一下，说道：“陛下，臣还需要几个月的时间，等臣把这边的事情都安排好了，臣就去京城报道！”
朱祁钰笑着拍了下吴长生的肩膀。“好好做，朕也要几个月后才会返回帝国。现在带朕去看看你在这边的工程！”
雷池是长江北面，与鄱阳湖相对的另外一个大湖。而这也是长江中下游地区治水的重点地区。在吴长生的规划中，只要把雷池与鄱阳湖这两地的工程完成了之后，那么长江的水患就将得到彻底的根治。所以，这也是长江主干道最后一处大型水利工程，随后就将主要治理长江几条主要支流。当然，吴长生也早就为这几条支流的治水工程做好了规划后面需要做的，就只是按照他的规划去实施而已！
在视察了安庆之后，朱祁钰返回了南京，并且在这里重点就长江地区治水工作做出了部署。吴长生也跟随皇帝去了南京，当皇帝把吴长生带到众位官员面前的时候，这些地方官自然都很清楚，吴长生是皇帝御用的水利工程师，得罪了他，就是得罪了皇帝。当然，在这个节骨眼上，是没有任何人敢与皇帝作对的。特别是在皇帝下狠手摧毁了寡头商人集团之后，帝国的官员也都明白了一个道理，在这个皇帝面前，他们最好都老实一点，只要有任何一点把柄落到了皇帝的手里，他们都没有好下场！
朱祁钰在南京还做了一件很重要的事，那就是拨款修缮南京皇宫。
这是众多官员提出来的意见。毕竟南京皇宫也是皇宫，至少是列祖列宗留下来的遗产。而这些年来，用于维护南京皇宫的费用少得出奇，所以这座宏伟的宫殿也面临着倒塌的危险了。朱祁钰原本不打算在这上面花钱的，在他看来，即使帝国现在再富裕，也有很多急需要用钱的地方，绝不能把钱花到一些没有意义的地方去。不过，最后朱祁钰还是批准了修缮南京皇宫的提议，一个主要的原因就是，在维修费用中，政府只承担四成，另外六成都是社会各界募捐的。很多工业资本家，爱国商人，在得知皇帝要修缮南京皇宫之后，都纷纷解囊，这也算是报答皇帝对他们的恩赐吧！
南京皇宫的修缮工程持续了十五年之久，结果成为了扩建工程，而不是简单的修缮。当这座新的皇宫建成了之后，连朱祁钰都极为惊讶。
也正是这个原因，在朱祁钰时代的后期，这个帝国历史上最伟大的皇帝就一直居住在南京。虽然当时帝国名义上的首都仍然是顺天府，也就是北京，不过在十多年的时间里，皇帝几乎都在南京处理国务，连帝国内阁政府都搬迁到了南京来。这也为后来帝国南北二京的对立埋下了伏笔。