当人类进入第二十个千年的时候，科技之光似乎已经照亮了银河的每一个角落，无数宏伟的巨舰航行于亚空间之中，宣言着人类的统治权。
但在这一片盛世繁华之下，隐藏着危机和疑云。巨型垄断企业联合着快速崛起的导航者家族控制了亚空间航行的每一个方面，任何殖民地，如果胆敢反抗，绝望的孤立就是他们必然的宿命。
灵能者已然出现，虽然尚未遍及每一个殖民地，但是各式袭击事件已被反复目击发生。
垄断企业集合而成的巨型托拉斯的影响早已渗入共和政府的每一个角落，军队也无法幸免，曾经的人民保护者逐渐变成大公司之间争权夺利的工具，而羸弱的共和政府完全无力阻止这一切。
曾经蓬勃发展的民间科技研究逐步凋零，独立科研机构只有两个选择，加入大企业，或者被挤压灭亡。
人类满足于银河内的利益，逐渐丢弃了进取之心，日渐骄傲而自认为是万物的主宰。
但是，也有一丝火光，来自于银河各个角落的被排挤的科学家们和自由论者，他们开始聚集在一起，并成立了一个小小的组织。
他们称其为联合。
出于对亚空间航行的忧虑，联合开始探索一种全新的技术，可以让人类不再依靠亚空间，让每一个人都可以自由穿行于星辰之间。
他们最终打破了曲速的极限，一种全新的技术，相位跃迁，诞生了。
相位技术的诞生使得这些科学家们开始思考联合的未来。
一开始，联合打算将这一份技术共享出去，以推动人类的发展，但可惜的是，此时的相位技术远称不上成熟，以致发生了一系列的悲惨事故，原本就敌视联合的大型企业，为了维护自己的统治和对超光速旅行的垄断地位，开始了对联合的大规模打压，最终，被逼无奈的联合，在几个对外层移民感兴趣的财团支持下，开始建设自己的移民船队，以在外银河建设家园。
但是对于这一移民行动不同的看法，使得联合内部形成了多个派系。
被称为秩序派的人，期望能够建立一个政治清明的民主国家，并帮助如今的银河政府重塑统治权。
被称为至高派的，希望能让联合变成一个强大的国度，有朝一日回到银河建立自己的统治。
被成为纯粹派的，只关注于联合的科学建设，他们希望那个国度能够支持科学的全面发展。
以及进步派，他们要求断绝联合与银河系的一切联系，并愿意为联合整体不惜一切代价。
当建设终于完成之时，共和政府在大企业的操作下宣布联合为恐怖组织，并派遣军队前来，而那些曾经支持联合的财团，如今要求联合交出完整的相位技术以换取他们的保护。
事态之严重已不言而明，联合立刻开始登舰，最后因为军队受亚空间限制导致了轻微的时差，这群先行者成功进入了相位跃迁。
但这不是故事的结束
进步派清楚，要想让联合真正发展壮大，就要斩断联合与银河的一切联系。
所以，进步派内有一些人选择留在银河，并启动了他们埋设在各个基地内的反物质炸弹，以断绝财团们发现相位资料的一切可能。
另一部分，则改写了舰队的航行日志，最终使得舰队在飞离银河系后丢失了一切返程数据，失去坐标，联合便无法重归银河。
其后，联合便无法借助相位跃迁定位银河的坐标，而银河系的财团们，也满足于自己的垄断终于被维护而更加无法挑战。
不知是否是天意，当财团终于在数千年下定决心重现相位技术时，ai叛乱和亚空间风暴席卷了银河系，并终结了银河人类的黄金时代。
而在遥远到无法统计的河外，联合却已浴火重生。
联邦，一个新的力量，开始以自己的方式，书写自己的历史。