杰克他们在成功阻止神秘物体启动，击败那个妄图统治宇宙的神秘组织首领后，整个宇宙暂时恢复了平静。他们成为了宇宙间的英雄，无数星球传颂着他们的英勇事迹。
然而，杰克却没有被胜利冲昏头脑。他站在飞船的指挥舱内，望着外面浩瀚的宇宙，心中有着一丝挥之不去的隐忧。艾米注意到了他的神情，走过来轻声问道：“杰克，怎么了？我们胜利了，宇宙和平了，应该高兴才对。”
杰克皱着眉头说：“你不觉得这一切太顺利了吗？那个神秘组织的背后，可能还有更大的势力。我们只是摧毁了他们一个计划，但他们的根基或许还在。”
伙伴们听了杰克的话，也陷入了沉思。在之前的冒险中，他们发现这个神秘组织布局之深远、资源之丰富超乎想象。虽然这次阻止了他们在“时空之眼”的阴谋，但这个组织似乎总能提前知晓他们的行动，仿佛有一双隐藏在黑暗中的眼睛在窥视着他们。
就在他们商讨之际，飞船的通讯系统突然接收到了一段奇怪的信号。这段信号杂乱无章，像是被故意加密过，但其中似乎又隐藏着某种紧急的信息。飞船上的技术专家大卫立刻开始对信号进行分析。
经过一番努力，大卫终于破解了信号的一部分内容。信号来自一个遥远的星系，发送者似乎是一个知晓神秘组织很多秘密的人，但信号在传输过程中被严重干扰，只留下了一些零碎的信息，其中包括“基因改造”“时空裂缝”“幕后黑手”等关键词。
杰克决定，他们必须前往信号的来源地一探究竟。于是，飞船朝着那个遥远的星系进发。在航行途中，他们再次遇到了一些诡异的现象。飞船的导航系统时不时会出现偏差，仿佛有一股无形的力量在干扰着他们。
终于，他们抵达了那个星系。这个星系充满了死亡的气息，恒星即将熄灭，行星大多是荒芜的岩石。他们根据信号残留的坐标，降落在一颗看似毫无生机的行星上。
当他们踏出飞船时，发现这里的地面上布满了巨大的裂痕，仿佛曾经遭受过巨大的冲击。在探索过程中，他们发现了一个隐藏在地下的基地。基地的入口被一块巨大的岩石挡住，但杰克他们利用飞船上的工具，成功移开了岩石。
进入基地后，里面弥漫着一股刺鼻的气味。他们小心翼翼地沿着走廊前行，发现墙壁上有许多奇怪的图案，这些图案似乎描绘着一种古老的生物进化过程，但又与正常的进化过程有着很大的差异。
在基地的深处，他们发现了一个巨大的实验室。实验室里摆满了各种奇怪的仪器和容器，容器里装着一些半透明的液体，液体中似乎有一些奇怪的生物在蠕动。
突然，一道激光束从黑暗中射来，差点击中杰克。他们立刻警觉起来，纷纷拿出武器。黑暗中走出了一群身着黑色制服的人，他们的眼神冷酷无情。
“你们不应该来这里的。”其中一个人说道。
“你们是什么人？这个基地是做什么的？”杰克质问道。
“我们是新秩序的守护者，这个基地是我们进行伟大实验的地方。你们所打败的那个组织，不过是我们的一个小小分支罢了。”
杰克他们震惊不已，原来那个神秘组织背后还有这样一个更强大的势力。这些人所谓的“伟大实验”似乎与基因改造和时空裂缝有关。
“你们的实验是违背宇宙伦理的，会给整个宇宙带来灾难。”艾米愤怒地说。
“你们这些无知的人，我们的实验将创造出全新的宇宙生命形式，我们将成为宇宙的主宰。”黑衣人不屑地回答。
双方话不投机，立刻展开了战斗。这些黑衣人装备精良，他们的武器能发射出一种冰冻光线，一旦被击中，身体就会迅速被冰冻。杰克他们灵活地躲避着光线，同时反击。
在战斗中，杰克发现了一个机会。他冲向实验室里的一个控制台，试图破坏这个基地的能源核心。黑衣人见状，纷纷向他扑来。但杰克的伙伴们奋力抵抗，为他争取了时间。
杰克成功地破坏了能源核心，基地开始剧烈摇晃。黑衣人见大势已去，纷纷逃窜。杰克他们趁机在基地里寻找更多关于这个新秩序势力的信息。
他们在一个数据库中发现了一些文件，这些文件揭示了这个势力的庞大计划。他们试图通过基因改造创造出一种超级生物，这种生物可以穿越时空裂缝，吞噬整个宇宙的能量，从而实现他们统治宇宙的目的。
杰克知道，他们必须将这个消息传播出去，联合更多的力量来对抗这个新的威胁。他们带着从基地获取的信息，匆匆离开了这个充满危险的行星，重新踏上飞船，驶向宇宙的各个角落，去寻找能够并肩作战的盟友。他们深知，这一次的挑战比以往任何一次都要艰巨，但他们的传奇故事仍将继续书写，为了宇宙的和平与正义，他们永不退缩。