京都的町民们在右京为大馆高信等战死的奉公众立下坟冢，并摆上鲜花瓜果糕点等贡品为死者祈福，从此以后六月二十八日这一天，便成为祭奠为守卫京都而死的幕府武士的公祭日，三好长庆听到这个消息也是感叹世事变化竟让他走到与幕府对立的丑角上。
其实三好长庆本人很尊重这些战死的武士，无论任何时代为忠节而死的志士都是值得尊敬的，正因为三好长庆的信仰缺失永远做不到这些为幕府抛头颅洒热血所做的壮烈之举，只能默默的为死去者祈福希望这些人将来能脱离地狱苦海往生极乐世界。
随同三好家送还遗憾的还有一位三好家的使者三好长逸，他送来的一封三好长庆署名的亲笔信，三好长庆在信中奉劝幕府公方及幕府众不要做无谓的抵抗，那样只会徒增伤亡还会毁掉京都千年的繁华鼎盛，身为幕府之臣僚理应为幕府基业贡献一份力量，希望幕府公方能够理解他的良苦用心。
足利义辉看到这封亲笔信的时候，那真是恨不得亲手掐死这个傲慢的三好长庆，竟然敢当着他这个幕府公方的面说出如此厚颜无耻的言辞，相比之下吉良义时那点问题可真不算个事，完全可以称得上一个忠臣良将、良师益友。
身为幕府公方他怎么可能接受这么无耻的言辞，当场翻脸将书信摔在地上，指着三好长逸呵斥道：“好一番良苦用心，好一番真心实意！余未闻有如此做派的幕府忠臣，更从没见过用两万军势突袭围攻余的支城杀害余的忠臣，屠灭一座城里的两千军势，此等大逆不道的行径果然是良苦用心，真心实意！哼！尔等且回去告诉三好修理大夫，余为室町幕府征夷大将军誓与京都共存亡。他的大军只管杀进来，看看到底是三好修理大夫的太刀锋利，还是余的忠臣猛士更多！”
三好长逸被足利义辉一通义正词严的呵斥骂的满面羞惭，只得抱头鼠窜掩面而逃。跑到幕府来传递这等厚颜无耻的书信也难怪足利义辉要发飙，虽然自明応政变以来幕府几经起伏，出现将军被废又复起再被废，同时树立两个将军等离奇的故事。但实际上操控这一切的始终是足利将军家的一族管领细川氏。
半将军细川政元发动明応政变废除足利义材，迎立足利义澄为新一任将军，细川高国给予大内义兴管领代的职务联合上洛发动船冈山合战，重新迎立已经改名的足利义稙担任将军。最后是细川晴元支持足利义维担任将军，六角定赖支持足利义晴担任将军，最后细川晴元选择与足利义晴和睦。并抛弃足利义维这个傀儡。
这一连串的变乱代表近七十年畿内的政局走向。自始至终都是管领细川家主导畿内的游戏，细川政元废立将军斗倒畠山政长，细川高国获得大内义兴的支持再次称霸畿内，以及细川晴元的复霸京都全是细川家主导着，唯一的外人大内义兴很快就死在返回西国平定尼子经久的途中。
可这次却决然不同，叱咤京畿两百多年的细川京兆家完全衰败，而崛起的却是前任管领细川晴元的家宰三好长庆。他崛起的方式是用时下流行的下克上，将主家击败并幽禁于摄津国普门寺中，此法也说不上多么恶劣，最多是一些坚持幕府法度的卫道者痛斥几句。
可随后三好家的胃口越来越大，竟然要学半将军细川政元一边操控傀儡新管领细川氏纲，另一边操控另一个傀儡幕府将军足利义辉，从十年前第一次轻车简从的上洛开始，经历深草合战、桂川合战两次重创依然贼心不死。
到如今才渡过七年，又一次率领六万军势杀向京都强行要挟幕府将军，而三好长庆的人生标签早已经被打上叛臣、逆贼等恶劣的名号，若不是有六万军势称霸濑户内海，掌控半个近畿的强大威势，早就被蜂起的国人军势攻灭。
别看足利义辉这一番义正词严的呵斥把三好长逸撵走，其实幕府手中的依仗失去一半如今非常虚，引以为豪的精锐前后搭进去六千人，只有四千余没来及渡河的残兵败将退回京都固守，算上二条御所的一千留守军势，以及船冈山城、小泉城、吉祥院城的以前军势，加在一起能动用的力量只有六千人。
这六千人里有近半是山城国人众，他们的同伴亲友不少人死在桂川突袭战以及胜龙寺城中，巨大的打击几乎将他们的士气完全摧毁，百年纷乱让山城国人一个个信仰缺失，早就不懂什么叫做忠诚，他们可以确定许多被杀的同伴绝对不是处于本心死去。
山城国人众动摇了，他们无法把自己的利益捆绑在幕府身上，天生的墙头草也不是一朝一夕就可以变成忠臣猛士，几乎在一夜之间这些曾经毒咒发誓说要效忠幕府的山城国人众，开始主动拉开与幕府的关系，借故推托守卫京都的职责抛弃幕府给他们的武器装备逃回自己的家乡。
不是他们的素质太高主动归还，实在是眼下的局势晦暗不明，这些墙头草实在不敢贪图这点小便宜，生怕吉良军再来个绝地大反击把幕府救回来，到那时他们这些墙头草就会因为曾经卑鄙偷盗行为而被幕府捉拿，就山城国人众这身板根本不是吉良军的对手，更不用说半残的状态下更缺乏话语权。
七月初一足利义辉一觉醒来发现自己的军势减少一半，两千六百多名精心培养的武士足轻抛弃身为幕府军的职责跑回家，有些人留下书信挂冠而去，有些干脆什么都没留下就一声不吭的跑路，得知实情又把足利义辉给气的不轻。
足利将军家的军势从鼎盛时期的号称“万余骑”，瞬间跌落到只剩下三千五百多军势的低谷，虽然这点军势还是比当年只有一百多奉公众强出几十倍，但以前的苦日子谁愿意去再尝试，好日子过习惯没人想承受大落差的艰苦生活。
眼下京都只剩下三千五百多幕府军作为守备，除此之外摄关、清华、大臣绝爱到是有不少类似的半公半武的武士庄官。但在京都的这些人加起来也不过几百人，看家护院震慑宵小的觊觎保住产业或许还行，让他们去上阵对付强横的三好军根本是送死，他们那点水平也就打打浪人。在究竟战阵的精锐军势面前根本上不得台面。
可是幕府的三千五百余军势也因为同僚一声不吭的离去陷入动摇，他们多数是来自各地的浪人武士，还有少部分是五湖四海的武家庶子，来到幕府谋功业获福利享受京都的太平繁华是第一目的。但这里面绝对没有送死当炮灰这一条，他们不相信自己有能力模仿吉良义时，因为他们实在太差了点。
志向远大的浪人都跑到近江坂本投军，贪图安逸的浪人跑到京都投靠幕府。原以为失去吉良义时的庇护，坂本这座飞速蹿起的城市早晚要遭遇兵火的洗劫，最后就像许多彗星那样在天际划过一道痕迹然后消失。结果坂本没有受到任何战火打击。到是京都要面临巨大的危机。
战争是勇士之间进行的搏命游戏，怯懦者在一开始就注定将被淘汰出局，幕府参与的三千五百军势在接下来半个月里几经动摇随时面临星散的危机，足利义辉费尽心机弹压许以各种好处，又抬出若干名头恐吓都没有用，最后还是请中条时秀的一万军势驻守京都，才把这些闹事的家伙全部弹压下去。
事实证明太平盛世里训练不出百战精锐。中条时秀辖下一万军势中有两千五百人是经历过水尾城合战的强军，这些满身血腥气的武士走在京都的大街上，就让这些过惯京都富足生活的兵痞们位置畏惧，不经意瞥向来往行人的目光，就像雄狮扑击猎物前锁定自己目标时森冷无情的目光。
这群凶悍的武士到来给京都带来影响有利有弊，好处是京都的治安突然变的就像坂本町那个级别，街上游荡的城狐社鼠地痞无赖瞬间跑的干干净净，连那些泼皮浪人喝酒吃饭强赊账的行为也突然间消失掉，整个城市变的十分安宁祥和。
弊端是太阳一落山京都被重兵把守，足利义辉亲笔签署的宵禁令下，京都的夜晚娱乐几近停顿，公卿、富商以及文化人们被迫停下每日必不可少的饮宴，只能躲在各自家里搂着姬妾胡天胡地，当然也有大胆的人趁着日落前跑到友人家夜宿他的家中，至于这些人夜里都玩什么活动就不清楚了。
只让中条时秀一人入洛也是没办法的事情，足利义辉最初下达的命令是让中条时秀与六角义贤共同入洛镇守京都，无奈中条时秀死活不同意这个决断，三渊藤英好劝歹劝都说不通，到后来连六角义贤也突然变卦改成不同意仓促入京，这让幕府十分挠头。
他们拒绝原因也很简单，三万大军进洛中镇守幕府，这宇治川南北两岸就没有军势驻扎，如果三好长庆命令那四万大军趁机杀向近江，无论是夺吉良家的坂本町、大津町、坚田町，还是六角家的观音寺城，都将给两家造成致命的后果，老巢被端还再守京都就没有任何意义。
最后两位大将与幕府达成折中协议，中条时秀入洛镇守京都，六角义贤来到伏见山原吉良家的大营接替镇守京都以东的重任，这样好歹还有个掎角之势互相驰援，再辅以吉良水军对淀川流域的掌控力，到不用担心近江会在短时间内被三好家夺取的危险。
七月中旬京畿的平稳局势再起波澜，三好长庆似乎等到他想要的答案，大致判断出幕府方支持军势的实力，于是迅速调动大军向京都杀去，他这一动就大大出乎所有人的预料，因为这次三好军的进军路线，不是传统的渡过桂川而是换成丹波出兵。
当三好义贤、松永久秀、内藤宗胜所率领的四万大军从丹波杀入山城国的时候，京都内的公卿武士乃至众多守军全都傻了眼，万众期待的吉良水军顿时失去依仗，内藤宗胜率领一万军势直取京都北部的船冈山城，松永久秀率领一万军势直奔京都城外的小泉城，而三好义贤所部则直奔京都杀去。
三好长庆作用近两万军势竟然坐镇胜龙寺城一动不动，这时中条时秀才彻底明白三好家的战略。总大将掌控桂川以南的广大战略纵深，同时镇守住身后摄津国的局势安稳，让他的弟弟以及谱代家臣率军进攻京都，自己带着这近两万军势还能作为别动队。在京都攻击战中最紧张的时候突然杀出来充当生力军，以起到一锤定音的效果，这就是他所用的一石三鸟之策。
中条时秀能看出来，六角义贤自然也能看出来。于是他当机立断留下五千军势镇守大营，自己亲率一万五千军势越过鸭川进入鸟羽与三好义贤军势展开激战，中条时秀在确定三好家的战略后第一时间发布命令，将京都七口全部封闭完全戒严。同时分兵支援京都外作战的六角义贤。
菅沼定直接替小泉城城代，他所率领的一千军势需要直面松永久秀的一万军势，菅沼定直的军略只能用一般般来形容。让他以一千敌一万本就是一件极端困难的举动。而这座小泉城年久失修，完全不能和胜龙寺城相提并论，甚至比船冈山城还要差上一筹，落在他肩膀上的压力是非常巨大的。
船冈山城城代也换成更加善战的一色直高，他所面对的则是同样能征善战的内藤宗胜，虽然他的军略要比菅沼定直高出许多，但对面的内藤宗胜也比松永久秀更厉害。而且此人与吉良家有一箭之仇，攻击的欲望远比老谋深算的兄长松永久秀要高出一大截。
两人面临的局势都十分危机，但京都南部的鸟羽原爆发的合战更加扣人心弦，三好义贤率领两万军势突袭鸟羽口，这里是京都七口之一也是自桂川方向进入京都的重要通道，三好义贤对这座关口势在必得，而六角义贤与中条时秀都不愿意放弃，双方在此展开耗时长久的战争。
三好义贤的两万大军对阵六角义贤的一万五千军势，以及大河内国纲率领的五千援军，在军势数量上双方是持平的，但三好义贤的军略明显要比后两者强出一截，而且因为吉良军与六角军之间的龃龉，在配合上难免产生较大的问题，三好义贤趁机切割两军之间的缝隙险些将两军给分割包围。
还好大河内国纲对着突破切割口展开攻击，成功挫败三好军的图谋，双方的军势在鸟语口外几经反复纠缠在一起，随着太阳落山最终还是罢兵还营，三好义贤将大营设在鸟羽口外不远处的香泉寺做出长期作战的架势，六角义贤则在鸟羽口外扎营，大河内国纲退回鸟羽口内与吉良军的守卫一起驻扎。
距离只有半里路之外就是丹波口外扎营的松永久秀，他主攻的方向就是丹波口外的小泉城，而内藤宗胜已经成功的突破京都七口之一的长坂口驻扎在船冈山下，直接威胁到京都的安全，中条时秀不敢放任此人攻入京都腹心，只能将三千五百幕府守军留在二条御所待机，自己率领三千军势也留守二条御所弹压幕府守军，还要时刻盯着南北两边的变化谨防出现危机。
战争从七月初一直持续到七月底也不见结束的样子，三好军展现出兵力上的巨大优势，稳扎稳打步步为营慢慢压缩吉良军与六角军的活动空间，并在七月底攻破小泉城，并将吉良军守将菅沼定直讨取，城内守军一千人无一幸免，这是吉良军迎来的第一场惨烈的失败。
这场激烈的笼城战耗时近一个月，松永久秀为攻陷此城可谓是煞费苦心，断水断粮诱骗调略骚扰强攻等等手段，最后还是凭借人多硬磨生生磨死人数稀少的小泉城守军，为攻陷此城松永久秀还付出三千六百多条性命才艰难拿下。
攻陷小泉城之后，三好军满心欢喜的以为能捞一票大的，结果遍寻城内发觉连一粒粮食都没有，几处存放兵粮的小天守干净的可以跑老鼠，天守阁被一把火烧的一干二净也没有金银珠宝之类的财物，军械铠甲破破烂烂没有一件完整的，灰心丧气的三好军势只能拿城外的数千居民撒气，就这样这些倒霉的居民又无端遭受兵火之灾，只能连夜拖家带口向京都城内逃避。
小泉城被破成为改变战场局势的一件大事，随后半个月情势突然急转直下。一色直高把守的船冈山城因为城内的粮草被消耗一空而被攻破，索性城外的援军中条时秀拼命掩护着他总算从内藤宗胜的虎口脱离出来，可是一千守军已经所剩无几。
小泉城破、船冈山城也被攻破，对六角军的士气造成极大的影响。这一影响很快就反馈到八月底的鸟羽口合战中，三好义贤所部军势高歌猛进的攻入六角义贤的本阵，险些讨取他这个总大将的性命，最后还是中条时秀的三千军势强力突袭将三好义贤的军势打退。
可这一救援就露出京都的腹心破绽。松永久秀就无法无天的冲破丹波口杀进京都城，中条时秀又率领大河内国纲所部杀回京都，在二条御所外与松永久秀血战与右京长街上，恶战持续大半夜直到天色蒙蒙亮才以中条时秀大获全胜告终。
这一场恶战打的极为激烈。吉良军八千疲惫之师对阵同样残缺士气低落的六千余松永军，双方一个缺少体力一个缺少士气在京都的街道上混战才显得格外艰难，直到松永久秀配下第一大将号称“枪中村”的中村新兵卫高次被中条时秀讨取成为战事的重要转折点。
松永军坚持的信念随着中村高次被杀而化为乌有一路向丹波口逃窜。松永久秀被败兵裹挟着狼狈而逃。而吉良军鼓起斗志一路追杀出去，竟然将松永军追赶的不敢进入小泉城，一路逃向鸟羽口的三好义贤大营躲避。
此役中条时秀讨取两千三百余首级，而自损不过六百余人，造成巨大差别的根本原因是松永军权限溃败逃窜中，被中条时秀沿途追杀讨取近一千六百余首级，真正死在僵持战中的只有那六百多人。松永军阵亡在此战中的阵斩只有七百余首级，余下皆是追杀溃军的收获。
松永久秀的一万军势被彻底打残，只剩下四千遭逢惨败的溃军不足以担当一阵大将，只能合并到三好义贤的军势之中，让三好义贤所部重新凑成两万军势，六角义贤见势不妙立刻将伏见山的五千军势调过来也凑成一万五千军势继续与三好义贤僵持。
直到八月末的最后一天，命令内藤宗胜所部八千六百余众从船冈山出发作为上洛的“先阵”，另一边则命令三好义贤两万军势对六角义贤发动进攻，内藤宗胜的八千虎贲在右京飞鸟井与中条时秀所率领的幕府守军及本部残军万余众遭遇，一场恶战不可避免的爆发。
中条时秀的军略与内藤宗胜相差不大论武勇更是技高一筹，但是他配下的军势个个疲惫不堪，幕府守军又皆是不堪大用之辈，一色直高所在的右翼军势被内藤宗胜重点照顾损失惨重，若非同门师兄师冈一羽的协助下稳住局势，中条时秀恐怕就要再吃一场败。
即使如此双方在右京激战三日打的难分难解，打的整个右京一片狼藉战火熊熊燃烧毁掉无数重建的庭院，右京之内的数十所佛寺被大火付之一炬，居住在右京的公卿与僧侣们紧急逃往比叡山避难，就连天皇也忧心忡忡的祈祷天下静谧。
在京都以南的鸟羽口同样爆发一场合战，失去大河内国纲支援的六角义贤无法抵挡三好义贤与松永久秀的联手夹攻，在鸟羽口被杀的一场大败当阵战死三千余众，家中多名谱代家臣殁于阵中，六角义贤被迫带着残军退回大营里死守不出。
肆虐多日的右京大火在一场豪雨下被浇灭，同样被浇灭的还有继续战斗的意志，大战两个月难分难解早已让双方的武士对功业的渴望变的麻木，重复一天又一天的进攻同伴的剧烈伤亡，活着的武士看不到任何希望。
中条时秀所部只剩下五千余残军败退到二条御所坚守不出，而幕府的三千五百守军更是一阵被讨死千余人，早早的退出飞鸟井合战的序列逃回去舔伤口，相比之下内藤宗胜的日子也很不好过，八千六百军势只剩下不到六千人退回船冈山城，主要是被中条时秀率领的两千五百经历越中战争的精锐突破三阵一天就讨取近千颗首级给伤到。
双方的手牌被打的不剩多少，中条时秀所部及幕府军一共七千五百余众死守二条御所，六角义贤所部一万两千人在鸟羽口大营里被堵住，三好义贤一万八千军势在战场上取得的绝对优势压制的他毫无办法，以六角义贤的军略水准被战斗到这一刻基本已到山穷水尽的地步。
中条时秀与六角义贤拼的那么狠，其实还是担心三好长庆趁机渡河改变战局的走向，本着拼掉一成是一成争取震慑住三好家渡河的企图，但无奈的发现双方大将的指挥水准相差仿佛，兵员素质装备差距不大，唯一的差别就是兵力差距实在太大。
兵力相差一倍多不说，还有两万军势就坐镇在河对岸虎视眈眈，逼迫的中条时秀与六角义贤心态越发急躁，急于尽快击退三好军的入侵进攻却忽视己方绝对的劣势，京都除去二条御所算的上一座像样的居城，京都七口与船冈山城、小泉城都不能作为依仗，而且最重要的一点，身为进攻一方的三好军可以后退躲避，但防守一方的吉良军、六角军却无路可退。
他们一退就必须抛弃二条御所，可是强情公方足利义辉已经早早的在石清水八幡宫发下重誓，绝对不会重复他父祖的悲剧，绝不允许任何权势武家把征夷大将军赶出京都，他绝对不会离开二条御所一步，哪怕身死也要与京都共存亡。
三好长庆冷冷的注视着京都的战况，直到恶战两个月的京都进入残局阶段，他才决心渡过桂川突袭京都做最后一击，于是动用淡路水军数百艘战船封锁淀川，阻止任何从宇治川初入的船舶尤其禁止吉良水军，已经可用作军事用途的任何船只出现，这次安宅冬康学的很聪明，喝令淡路水军坚决不能追击吉良水军，哪怕遭到偷袭也不能追击以防诱敌深入再中招。
淡路水军的乌龟战术就认准淀川干流封锁让吉良水军毫无办法，他们的船只数量和质量完全不能和称霸濑户内海的淡路水军相提并论，除去偷袭骚扰之外还真没有办法经过淀川的交汇口前往桂川阻挡三好长庆。
三好长庆站在桂川北岸眺望着远处飘荡着淡淡血腥气的京都，身后是两万虎狼之师士气高昂的登陆，桂川上来往窜梭的船只全部飘荡着三階菱五釘抜的旗帜，三好长庆壮志酬筹地说道：“再也没有人能阻挡我上洛了！”